Budowa alei łączącej północ z południem, w okresie międzywojennym miała rozwiązać problem szybkiego transportu pomiędzy szybko rozwijającymi się nowymi dzielnicami Warszawy – Mokotowem, Śródmieściem i Żoliborzem. Planowana Trasa N-S na deskach kreślarskich niemal pokrywała się z linią obecnej al. Jana Pawła II. Projekt przewidywał początek trasy biegnącej od alei Wilanowskiej, przez dzisiejszą aleję Niepodległości, ulicę Chałubińskiego, do al. Jana Pawła II. Wprowadzano jednak wiele zmian, a realizację udało się jedynie podjąć na odcinku al. Niepodległości. Przedwojenni budowniczowie zdali sobie bowiem sprawę, że koszty wykupu kamienic w Śródmieściu były zbyt duże jak na możliwości miejskiej kasy. Dopiero po II wojnie światowej powrócono do pomysłu Trasy N-S. Ogromne zniszczenia wojenne paradoksalnie ułatwiły realizację takich projektów, a resztę załatwiła nacjonalizacja gruntów. Prace ruszyły na początku lat 50., a już w 1956 roku oddano do użytku pierwszy fragment od Alej Jerozolimskich do ul. Twardej.

Nowa arteria zyskała patrona - Juliana Marchlewskiego, działacza komunistycznego, aktywnego podczas wojny polsko-bolszewickiej. W tym samym roku uruchomiono linię tramwajową wzdłuż nowej ulicy. W 1959 roku zakończono realizację całego docinka. Jednocześnie, w środkowej i północnej części,  zaczęto wznosić osiedla Mirów i Muranów.


Skrzyżowanie Marchlewskiego (obecnie Jana Pawła II) i Nowolipek, około 1960.
źródło: wolskieregionalia.waw.pl

Obecna al. Jana Pawła II jeszcze w latach 60. przeszła gruntowną przebudowę – prace prowadzono na skrzyżowaniu z ul. Prostą i Twardą, w efekcie powstało rondo ONZ.

Panorama w kierunku północnym - widoczna ulica Marchlewskiego od Ronda ONZ do skrzyżowania z ul. Elektoralną. Źródło: Archiwum Fotograficzne Grażyny Rutowskiej.

Kolejna dekada to realizacja Osiedla Za Żelazną Bramą.

Teren budowy Osiedla Za Żelazną Bramą, od strony ul. J. Marchlewskiego. Widoczna hala Mirowska i hala Gwardii. Źródło: Archiwum Fotograficzne Zbyszka Siemaszki

Transformacja ustrojowa po roku 1989, przyniosła nie tylko zmianę nazwy, ale także zapoczątkowała powstawanie zabudowy na wolnej przestrzeni, wokół zachodniej pierzei al. Jana Pawła II, na południe od ul. Elektoralnej. W ten sposób zaczęło rodzić się biznesowe centrum stolicy, a w górę pięły się kolejne nowoczesne biurowce.


2016: Panorama Warszawy z wizualizacją biurowca Q22.

Dziś aleję Jana Pawła II wielu mieszkańców kojarzy przede wszystkim z biurowcami, hotelami i nowoczesnymi centrami handlowymi. Uzupełnieniem biznesowej roli tego miejsca jest Q22, którego realizacja przy zbiegu al. Jana Pawła II i ul Grzybowskiej zakończona zostanie już w 2016 roku.